什宝類としては、金光明最勝王経・大毘盧舎那成仏神変加持経（ともに国宝）の奈良朝写経など創建当初の威容を伝える文物もありますが、叡尊上人によって復興された鎌倉中期以降のものが大部分を占めています。仏像では、本尊の釈迦如来立像（本堂）・秘仏愛染明王坐像（愛染堂）・興正菩薩坐像（愛染堂）・文殊菩薩騎獅像ならびに四侍者像（本堂）（いずれも鎌倉時代、重要文化財）のほか、塔本四仏坐像（聚宝館）・吉祥天立像（聚宝館）・十一面観音立像（四王堂）などは平安時代にまで遡ります。

絵画では、十二天画像（平安時代、国宝）をはじめ鎌倉期以降の仏画・肖像画が多数あり、工芸品には、金銅宝塔・鉄宝塔・金銅透彫舎利塔（いずれも鎌倉時代、国宝）などの舎利塔や、多くの秀逸な密教法具が蔵されています。また上記経巻のほか中世以降の文書聖教記録類も夥しく伝存しています。これらの宝物の一部は境内の聚宝館で展観を行っています。