叡尊の住房は中央の宝塔院の西方に造営された西僧坊（西室）であったが、その後の歴代長老が住持するのも、その由緒を継承した二聖院という子院であった。これが西大寺の本坊の起源であり、現在は総本山寺務所および真言律宗宗務所が置かれている。唐破風の表玄関の西奥に書院である西室があり、更にその奥に奥書院がある。愛染堂とは廊下づたいに裏堂につながっている。